Mineralogický systém a paleontologie
Stálá mineralogicko-paleontologická expozice je k vidění v horním patře muzea po celé délce chodby. Začátek expozice je věnován paleontologii. Z období prvohor jsou k vidění dávní obyvatelé moří – trilobiti, ale i různí zástupci ryb.
Z rostlinné říše jsou vystaveny zkamenělé karbonské otisky kapradin, přesliček a lepidodendronů z Karvinského uhelného revíru. Doklady o pestrém životě v druhohorních mořích poskytují různé druhy amonitů, belemnitů či ježovek. Unikátní je téměř dvoumetrová pískovcovo-jílovitá deska z období karbonu až permu, na níž jsou otisky stop jednoho z prvních zástupců suchozemských býložravých tetrapodů (čtyřnožců) z rodu Ichniotherium.
V další části mohou návštěvníci vidět velké množství mineralogických vzorků, které jsou děleny dle systému zakládajícím se na chemickém složení a vnitřní stavbě. Vzorky jsou uloženy v původních dřevěných prosklených vitrínách, které vznikly společně se založením zdejší mineralogické sbírky. Její počátky jsou spojeny se sběratelskou činností probošta kláštera Porta coeli, jímž byl v letech 1901-1920 Bernard Gícha (původem z kláštera ve Vyšším Brodě). Tedy jsou k vidění vitríny a řada vzorků, které jsou starší než samotné muzeum. Vzorky pochází z území Moravy, Čech a také z některých evropských i světových lokalit. Zajímavá je kolekce minerálů a hornin z příbramského rudního revíru.